María de las Mercedes của Bayern và Tây Ban Nha sinh ngày 3 tháng 10 năm 1911 tại Cung điện Cuesta de la Vega, Madrid, là con gái của Ferdinand của Bayern và María Teresa Isabel của Tây Ban Nha.[2] Cha mẹ của Vương tôn nữ là chị em họ và cả hai đều là cháu của Isabel II của Tây Ban Nha. Trước khi María de las Mercedes chào đời, cậu của Vương tôn nữ là Alfonso XIII của Tây Ban Nha đã tuyên bố rằng bất kỳ đứa trẻ nào được sinh ra từ cuộc hôn nhân của chị gái sẽ là Infante/Infanta của Tây Ban Nha. Vào ngày lễ rửa tội, Vương tôn nữ được đặt tên là María de las Mercedes Teresa María de la Paz Fernanda Adalberta Cristina Antonia Isidra Raimunda Josefa Jesusa Fausta Francisca de Borja y Todos los Santos vào ngày 11 tháng 10 năm 1911 tại Cung điện Vương thất Madrid. Cha mẹ đỡ đầu của Vương tôn nữ là María de la Paz của Tây Ban Nha (bà nội) và Adalbert Afons của Bayern (chú, đại diện bởi Carlo Tancredi của Hai Sicilie).[3] María de las Mercedes có hai anh trai là Luis Alfonso (1906–1983) và José Eugenio (1909–1966) và một em gái là María del Pilar (1912–1918). Năm 1912, mẹ của Vương tôn nữ qua đời năm 1912 và cha của Vương tôn nữ tái hôn với thị tùng của người mẹ là María Luisa de Silva y Fernandez de Henestrosa, Nữ Công tước xứ Talavera de la Reina.

Trước sự thiết lập Cộng hòa Tây Ban Nha thứ hai vào năm 1931, gia đình của Vương tôn nữ đã sang Đức sống lưu vong.